转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律，从RNA水平研究基因表达的情况。借助转录组学来研究肿瘤的发病机制，寻找用于肿瘤诊断和防治的生物标志物一直是肿瘤研究热点，今天小编要和大家分享几例转录组学在胃肠肿瘤中的应用。
前面介绍 Space Ranger 的使用的时候有提到过，一种是自动对齐（只需要提供图片文件），另外一种是手动对齐（除了需要提供图片文件，还需要提供图像组织位置跟 spot 对应信息的 json 文件）。本文带你一分钟了解 10x空间转录组Visium 的 图像手动对齐 应该怎样做！
具有完善基因表达数据和表型数据的大规模公共队列为开发肿瘤预后标志提供了可能。近年来，机器学习作为人工智能（AI）的分支，已经被成功用于建立肿瘤患者预后和治疗预测的模型。
10x Genomics在分析软件这一块还是非常给力的，开发的每个软件都非常好用而且操作简单，特别是安装方便，基本解压后就能用。对于10x的空间转录组数据主要用10x自己开发的Space Ranger来进行前期的处理。
乳腺癌是发生在乳腺上皮组织的恶性肿瘤，它是威胁全球女性健康的严重的常见的恶性肿瘤之一，近年来的发病率与死亡率也逐渐升高。因此，寻找和发现有价值的乳腺癌生物标志物已经成为目前研究的一个重要方向。小编这次为大家分享两篇关于研究乳腺癌DNA甲基化标志物的文章（IF > 10），利用多组学数据分别从两个方向筛选甲基化标志物的研究。
妇科肿瘤是一种多发病，由于其致病因素较复杂，癌变组织结构多样，受神经内分泌因素影响的不断变化，所在部位又极易受细菌或病毒感染，很早就受到人们重视。妇科生殖器肿瘤又以卵巢癌，子宫颈癌，子宫内膜癌较为常见，这三种肿瘤并称为妇科生殖系统三大恶性肿瘤。据有关数据统计，在我国每年约有1.5万名女性死于卵巢癌，发病率虽次于宫颈癌和子宫内膜癌，但死亡率却占妇科恶性肿瘤之首。
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识。但是，scRNA-seq对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求，这也意味着 “躺在”超低温冰箱中的大量珍贵临床样本（脑组织，肿瘤组织等）都无法进行scRNA测序。而单细胞核RNA测序技术（snRNA-seq）的出现，则在很大程度上解决了以上问题。
7月以DNA methylation为关键词检索到的文献一共有723篇，小编在这里为大家精心挑选了以下7篇作为重点分享，包括胚胎发育、癌症、疾病、甲基化标志物以及多组学联合分析的研究等。
单细胞转录组测序虽好，但是限制也不少于是乎... 追求完美的科研达人们纠结ai又犯了...Show Time|单细胞核转录组测序—乘风破浪呼啸而来。
